Tutto il materiale anatomico che può contenere prioni (agenti scatenanti la malattia), e cioè in primis il cranio non aperto e la colonna vertebrale, nonchè altri organi in relazione alla specie e all'età, dopo la macellazione viene raccolto sotto il controllo del veterinario ispettore e riposto in appositi contenitori identificati da una fascia rossa, cosparsi di colorante in modo da non essere assolutamente confusi con altri organi o, peggio, riutilizzati e poi mandati all'incenerimento attraverso ditte specializzate. Il quantitativo di materiale prodotto e spedito è riportato in apposito registro di carico e scarico.
Nel caso di animali morti in azienda, effettuato il prelievo di midollo allungato per la ricerca della malattia, la carcassa intera senza alcuna operazione viene mandata all'inceneritore.

Il problema chiamato "mucca pazza" è esploso improvvisamente in Inghilterra nel 1986, quando si manifestarono 16.000 focolai di malattia nei bovini e 180.000 casi diagnosticati. Non essendo allora la malattia conosciuta sul piano scientifico, non furono prese particolari precauzioni, per cui milioni di persone hanno mangiato carne di animali infetti (i prioni sono presenti in quantità anche prima che l'animale manifesti i sintomi di malattia, per cui sembra sanissimo). Dopo i primi casi, riscontrati nelle persone, alcuni anni dopo, di malattie simili a quelle dei bovini, si sviluppò una certa paura, e qualcuno ipotizzò addirittura scenari catastrofici. Furono prese misure radicali (divieto di utilizzo di farine di carne per gli animali, controlli accurati al macello ecc.), che sono tutt'ora in vigore, mentre l'Inghilterra praticamente sostituì tutto il proprio patrimonio bovino.
In realtà a distanza di vent'anni nulla si è verificato di quanto era temuto, pur considerando che il periodo di incubazione della malattia può essere lunghissimo, e i casi umani sono sempre estremamente rari; tra l'altro con tutta probabilità la malattia umana oggi è diagnosticata con esattezza, mentre un tempo non veniva identificata. Si è visto anche che la malattia, oltre che al contatto alimentare con materiale infetto (l'unica via di contagio è infatti quella alimentare), è legata a una particolare e rara configurazione del patrimonio genetico della persona.
In pratica il patrimonio bovino è oggi indenne; ma se anche qualche capo bovino arrivasse al macello infetto ma senza sintomi, dato che tutti gli organi contenenti prioni di tutti gli animali macellati vengono sistematicamente distrutti, il contagio sarebbe impedito; se ancora, per effetto di qualche manigoldo, del tessuto infetto uscisse dal macello la barriera di specie tra bovini ed umani impedirebbe con probabilità elevatissima il nascere della malattia.