Il servizio svolge attività di controllo ufficiale, senza preavviso, presso gli apiari, per verificare il rispetto della normativa (allevamento censito o no, identificazione delle arnie, nomadismo non autorizzato, assenza di malattie infettive contagiose soggette a denuncia). Per l'accertamento sulle malattie infettive può procedere al prelievo di insetti o di covata. Il controllo può essere fatto anche a seguito di segnalazione di terzi o dello stesso titolare (alta mortalità). In ogni caso viene rilasciato al titolare un verbale di sopralluogo.
Il controllo ufficiale viene svolto anche nel laboratorio di smielatura e confezionamento, anche se questo è escluso dalla applicazione del regol. CE 852/2004 e quindi del reg. 882/2004 sui controlli ufficiali, in quanto ciò non esime l'operatore dall'applicazione delle regole base dell'igiene e dal rispetto della normativa specifica del settore. Il controllo può configurarsi anche come prelievo di miele per verificare l'assenza di contaminanti batterici o chimici.